La construction de l'église doit remonter vers le 11e ou 12e siècle, époque ou la population de Noyen s'est trouvée être assez importante mais à l'origine ce n'était qu'une simple chapelle construite par le seigneur.
En 1567 débute la 2e guerre de religion et les troupes du prince de Condé logent à Sourdun ; Bray et Nogent sont villes huguenotes (protestantes). Un camp de Réformés est établi entre Sens, Bray et Nogent. Les soldats brûlent les églises de Voulton, Villenauxe-la-Petite, Noyen, Courlon ainsi que les châteaux de Vertilly, Courceroy, Lamotte et Noyen.
La légende dit qu'à l'approche des huguenots, les habitants de Noyen auraient caché les cloches et les objets précieux de l'église dans une noue derrière le château, dans le parc, à l'endroit ou l'allée dite « la haie aux prêtes » rejoint l'allée de Verdun. Cette noue s'appelle d'ailleurs « la fosse aux cloches ».
Légende ? histoire vraie ? comment savoir ! Cette légende était encore si vivace au début du siècle dernier que Mr Muret alors châtelain de Noyen a fait sonder cette noue avec de grandes perches.
En tout cas, il faut admettre que cette église existait telle qu'elle est aujourd'hui avant 1571, car on voit dans le chœur une inscription où est inhumé le cœur de Mr Carnavalet, lequel décéda le 18 avril 1571.
L'église de Noyen a été mise sous l'invocation de St Blaise (bien que dans les registres paroissiaux on l'appelle Notre Dame), fête chômée à Noyen le 3 février sous une ordonnance de Monseigneur l'Archevêque de Sens du 11 juillet 1759.
Des travaux considérables furent effectués en 1774 pour une somme de 3875 livres.
Plusieurs membres de la famille de Montchal sont inhumés entre les piliers de l'église, ces places étant la propriété de cette famille. En échange la commune a reçu une petite parcelle de terre.
Un extrait du registre paroissial en date du 13 octobre 1778 relate que la cloche unique d'un poids de 762 livres et demi étant cassée, elle a été refondue en une cloche de 688 livres et qu'une deuxième de 473 livres et demi lui a été adjointe.
La plus grosse a été nommée « Louise » par dame Louise, Magdeleine Bertin veuve du seigneur Charles Jean Pierre Barentin, comte de Monchal, brigadier des armées du roi et la seconde a été nommée « Antoinette » par le seigneur Charles Louis Barentin, marquis de Montchal, capitaine de cavalerie et par dame Marie Antoinette de Beaufort son épouse.
Ces cloches ont peut être été fondues pendant la Révolution car il n'y a plus actuellement qu'une seule cloche et voici ce qui est gravé dessus:
- Nom : Marie Anne Louise Augustine
- Parrain : Mr Auguste Adolphe Darblay
- Marraine : Mme Louise Conty (épouse de Mr Darblay et propriétaire du domaine de Noyen)
- Maire : Mr Honoré Dupont
- Adjoint : Mr Adrien Fourtier
- Curé de la paroisse de Noyen : Monseigneur Demommerot
- Poids : 483 kg.
Quant au presbytère, il a été construit à la veille de la Révolution par Monseigneur Boizot dernier prieur. La commune de Noyen est devenue propriétaire de la totalité à partir du 27 juin 1832.